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lncRNA的临床相关性分析

时间:2020-11-11 16:36来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
临床相关性分析的目的是看一下构建模型的这些lncRNA是否跟我们的临床性状具有相关性。

lncRNA的临床相关性分析

临床相关性分析的目的是看一下构建模型的这些lncRNA是否跟我们的临床性状具有相关性。我们这里是以这个T分期为例,看一下我们这些lncRNA跟我们的T分期是否具有相关性,下面我们看一下这个图形。

这个图形的横坐标就是我们构建模型的lncRNA,然后纵坐标就是这些lncRNA的表达量。这里的箱线图,不同的颜色就代表不同的分期,然后比如说这里红色是代表T1期,绿色代表T2期。

接着我们看一下这里的P值,这里P值的话,如果他标注一颗星就说明我们这个lncRNA和我们的临床相关性的P值它是小于0.05的,如果标注两颗星的话,那它的P值是小于0.01的,三颗星的话,那他的P值就是小于0.001,这里标注ns的话就说明我们的lncRNA和我们的临床性状是没有相关性的。我们可以看到我们找到了两个lncRNA,跟我们的T分期是具有相关性的。那我们具体到单个的lncRNA的话,比如说第二个lncRNA,它就随着我们T分期的增加,lncRNA的表达量也是上升的。

下面我们看一下我们怎么去做临床的相关性分析。临床相关性分析,我们要画这样的箱线图,我们首先要把它处理成离散的变量,比如说年龄这样的连续变量,我们是需要对它进行整理。比如说年龄的话我们可以整理为小于等于六十五岁的为一组,大于六十五岁的为另外一组,这样进行比较。

输入文件的准备,我们首要这六个用于构建模型的lncRNA,这六个lncRNA就在我们之前的文章中得到的风险值的文件中,所以我们需要用到那个文件

还有一个文件就是我们临床性状的数据文件,我们要做T分期的相关性分析,所以将其中T分析的数据经过整理后保留下来,将内容保存到一个txt文件中,这样我们的输入文件就准备好了。


运行脚本文件,我们就可以得到最终的临床相关性分析的结果文件。


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责任编辑:乐伟
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