知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信数据库 >

CGGA胶质瘤数据库简介和数据下载

时间:2019-08-25 16:44来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
CGGA数据库是一个用户友好的网络应用程序,用于数据存储和分析,以探索来自中国队列2000多个样本的脑肿瘤数据集。

CGGA数据库数据下载

数据库网址:cgga.org.cn


CGGA数据库简介

CGGA数据库是一个用户友好的网络应用程序,用于数据存储和分析,以探索来自中国队列2000多个样本的脑肿瘤数据集。该数据库包括全外显子测序(286)、DNA甲基化(159)、mRNA测序(1018)、mRNA微阵列(301)和microRNA微阵列(198)以及匹配的临床数据。分析工具允许用户浏览DNA突变谱、mRNA/micorrna表达谱和甲基化谱,并对特定的胶质瘤亚型进行相关性和生存率分析。

主页界面

 

CGGA数据库的界面简洁友好,下载数据非常简单,选择DOWNLOAD菜单就可以进入下载界面

 

进入下载界面,我们选择需要的数据下载就可以了,我们这里给大家介绍的是mRNAseq数据,下载mRNAseq和样本的临床数据,CGGA数据库只有胶质瘤的数据,数据整理的也比较规范,所以后期分析也不像TCGA那么复杂

下载mRNAseq_693mRNAseq_325的数据和临床数据用于后面做分析

 

下载之后解压我们就得到了这些数据,那么接下来把mRNAseq_693mRNAseq_325数据整合在一起做后续的分析呢

因为涉及到批次问题,我们需要对数据做批次矫正,最后我们希望得到一个矩阵,做后续的分析。


生信自学课堂精品课程推荐:
免疫基因预后模型5分文章套路
《TCGA免疫细胞浸润模式挖掘》
《TCGA肿瘤微环境》
《TCGA肿瘤突变负荷》

《单基因文章套路基于TCGA数据库》


 


责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
加生信自学网群
BioWolf二维码生成器
顶一下
(1)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
TCGA肿瘤微环境
推荐内容
单基因发文套路
m6A