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独立预后分析

时间:2020-11-10 21:33来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
独立预后分析的目的事看我们的模型是否可以独立于其他的临床性状作为独立的预后因子.

独立预后分析

输入文件的准备
独立预后分析的目的事看我们的模型是否可以独立于其他的临床性状作为独立的预后因子,我们在做独立预后分析之前,我们需要准备好独立预后分析需要的输入文件,下面我们看一下它的输入文件。
 
输入文件的第一列是样品的名称,然后第二列是生存时间,这里生存时间它的单位是天。第三列的话就是生存状态,1是代表这个病人已经死亡了,0代表这个病人还存活着。接下来就是各种临床症状,比如说年龄,性别,分级,分期,还有TMN的一个分期。最后就是我们的风险值,我们做这个独立预后分析的话就是将我们的临床性状和我们的风险值进行比较,看我们的风险值是否可以独立于其他的临床性状,作为独立的预后因子,下面我们看一下独立预后分析需要的输入文件怎么准备。
我们需要用到是病人的临床数据,还有一个病人的风险值的文件,我们先要对临床数据文件进行处理,将其中病人生存时间小于30天的删除,还要删除生存时间或者生存状态存在空值的数据删除,然后将性别替换为女性为0,男性为1。
最后将处理好的内容保存到一个txt文件中。



通过运行脚本文件,我们就可以得到独立预后分析的输入文件。
 
独立预后分析
得到输入文件后,我们就要进行独立预后分析,我们分两步做,第一步,单因素的独立预后分析,第二步多因素的独立又分析。
 
单因素独立预后分析的话就是将临床性状和我们的这个风险值一个一个输入,跟我们的临床的生存时间和生存状态进行比较。看我们的临床性状或者说风险值是否跟预后相关,我们这里会得到一个p值,如果p小于0.05,就说明我们的临床性状或者说这个风险值是跟我们的预后相关的,接下来我们看一下HR值。HR值大于1的话,那他就是高风险的因素,如果它小于1的话就是低风险的因素,我们这里年龄的话它是大于一的。
 
接下来我们看一下多因素的独立预后分析,从真正意义上来说,只有多因素才可以去验证它是否可以作为独立预后的因子。多因素就是将这些临床性状和我们的风险值一起输入跟我们的生存时间和生存状态进行比较,看我们的这个风险值是否可以独立于其他的临床性状作为独立的预后因子,我们可以看到这里的P还是小于0.001。就说明我们的风险值确实可以作为独立的预后因子。
 
要绘制这两个图,输入文件我们已经准备好了,接下来就是运行脚本文件,我们就可以得到我们想要的图形。还有两个结果文件。






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