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TARGET儿童肿瘤数据库下载临床和mRNA-seq数据

时间:2019-06-26 11:51来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TARGET数据库是儿童肿瘤数据库,适合做儿童肿瘤分析和挖掘,对TCGA数据库做了很好的补充,而且针对性更强。
TARGET数据库是儿童肿瘤数据库,适合做儿童肿瘤分析和挖掘,对TCGA数据库做了很好的补充,而且针对性更强。

1、首页在浏览器输入TARGET的官网网址:https://ocg.cancer.gov/programs/target
找到菜单“DATA ACCESS”——"ACCESS TARGET DATA MATRIX”,进入数据下载页面

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《TARGET儿童肿瘤数据库挖掘》
《TARGET数据库甲基化驱动基因分析》

2、进入数据页面,可以根据研究方向,下载儿童肿瘤的数据,比如我们这里选择“AML”作为研究对象,我们可以看到,由这些数据,大家可以根据分析下载,这里我们下载临床和mRNA-seq数据作为研究数据。

Clinical File:临床数据
Affymetrix Gene ST:芯片数据
Affymetrix SNP 6.0:SNP芯片数据(CNV)
IIIumina Infunium 27k:甲基化
miRNA-seq:miRNA测序
Whole Genome:全基因组数据
Whole Exome:全外显子数据
mRNA-seq:mRNA-seq数据
Targeted Resequencing:TARGET数据库自行检测的数据
 
3、找到选项:“mRNA-seq”——“DCC Open”

进入下级页面,选择“L3”
接下来,选择“expresion”——“BCCA”

进入结果页面,我们需要下载所有这些数据,可以右键一个一个保存,如果数据比较多的话,需要耗费很多时间,所以需要利用ftp方法下载到本地。

复制当前网页的网址,然后打开一个文件夹,在文件夹目录栏把网址黏贴进入,就可以自动显示刚才所有的文件,然后把所有文件复制到本地文件夹就可以实现下载了。
 
4、打开临床数据选项:“Clinical File”,临床数据文件不多,下载比较简单,直接右键,另存为就可以下载临床数据文件。

当然下载临床数据也可以通过fpt的方法下载

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