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miRNA的命名规则详解以及最全物种三字母缩写

时间:2020-03-12 15:47来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
miRNA(microRNA)是一类长度约20~23个核苷酸的非编码RNA,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。
miRNA(microRNA)是一类长度约20~23个核苷酸的非编码RNA,通过和靶基因mRNA碱基配对引导沉默复合体(RISC)降解mRNA或阻碍其翻译。在物种进化中相当保守,在植物、动物和真菌中发现的miRNA大部分在特定的组织和发育阶段表达。miRNA的组织特异性和时序性,决定组织和细胞的功能特异性,表明miRNA在细胞生长和发育过程的调节过程中起多种作用。

命名规则
miRNA成熟体命名规则(以动物miRNA为例)
①确定命名规则之前发现的miRNA,保留原来名字,如hsa-let-7。
②miRNA成熟体简写成miR,再根据其物种名称,及被发现的先后顺序加上阿拉伯数字,如hsa-miR-122;
③高度同源的miRNA在数字后机上英文小写字母(a,b,c,…),如hsa-miR-34a,hsa-miR-34b,hsa-miR-34c等;
④由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA,则在后面加上阿拉伯数字以示区分,如hsa-miR-199a-1和hsa-miR-199a-2;
⑤通常一个miRNA前体长度大约为70~80nt,很可能两个臂分别产生miRNA,则继续在名称之后加上-5p/-3p等,如hsa-miR-122-5p。
补充说明:在较早文献中可看到,表达水平较高的miRNA后面不加任何符号,而表达水平较低的miRNA后面加上*号,如rno-miR-9*。有时带“*”的miRNA就根本不出现。有时也会以“-s”和“-as”来命名,但现在已经取消了这种命名方式。

目前的miRBase 21.0对miRNA成熟体的名称进行了大量的修改,很多带“*”的miRNA都变成了“-5p”或“-3p”。如hsa-miR-26b-5p和hsa-miR-26b-3p,分别表明从hsa-mir-26b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的。

miRNA编号及名称(以动物miRNA为例)
miRBase记录了miRNA前体序列及miRNA成熟体序列,其中:
① miRNA的前体(precursor miRNA, pre-miRNA)
发夹状结构的miRNA前体转录本以“mir”命名,其编号以“MI”编号,如人的miRNA 122的前体ID为hsa-mir-122,Accession为MI0000442。
② miRNA的成熟体(mature sequence)
大约20~23nt的miRNA成熟体以“miR”命名,其编号以“MIMAT”编号,如人的miR-122有两个成熟体,其中之一ID为hsa-miR-122-5p ,Accession为 MIMAT0000421;另一个为ID为hsa-miR-122-3p ,Accession为 MIMAT000 4590。

不同物种命名方式差别
① 动物:
miRNA前体:以动物物种缩写+“-”+ mir+“-”+命名顺序,如hsa-mir-122;
miRNA成熟链:以动物物种缩写+“-”+ miR+“-”+命名顺序,如hsa-miR-122-5p;

② 植物:
miRNA前体:以植物物种缩写+“-”+ MIR+命名顺序,如ath-MIR156a。注意:MIR是大写,并与命名顺序之间没有“-”;
miRNA成熟链:以植物物种缩写+“-”+ miR+命名顺序,如ath-miR156a。注意:miR是小写,并与命名顺序之间没有“-”;

③ 病毒:
miRNA前体:以病毒物种缩写+“-”+ mir+命名顺序,如bhv1-mir-B1;
miRNA成熟链:以病毒物种缩写+“-”+ miR+命名顺序,如bhv1-miR-B1。

物种缩写列表


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