知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信数据库 >

Affymetrix芯片数据上传到GEO数据库

时间:2017-08-11 20:05来源:原创 作者:森莘 点击:
GEO数据库上传芯片数据
上传的数据包括两部分:1是原始文件(.cel);2是标准化文件(.txt)。
芯片数据

Affymetrix芯片数据上传流程:

1. 登录/注册NCBI和GEO 账号

2. 下载表格并填写

点击New Submission后,得到如下界面,大家只需要关注红色框标记出的两部分,其它与Affymetrix芯片数据上传没有直接关系。若已经了解数据上传方法,可直接点击Affymetrix进入;若首次上传,可在GEO archive 下的complete instructions中查看上传所需文档的详细解释。
GEO数据
点击Affymetrix进入得到如下界面,第一个红框中列出了上传所需要的metadata文件该表即GA_affy表中的metadata子表), 第二个红框中列出了上传所需要的CEL格式的原始数据及第三个红框中列出了上传所需要的processed数据该表也就是GA_affy表中的matrix子表 。

相关表格模板在下方即可下载,但需根据芯片类型选择相应的表格。下载Affymetrix芯片的表格模板。

表格下载后,是GA_affy 命名的Excel表格。GA_affy表格要分为五个子表,前两个为上传者需要填写的部分;后三个为案例参考,上传者可以参考案例所示填写。需要上传者填写的两个表格分别为Metadata Template主要填写跟文章相关的样本信息和实验信息)和Matrix Template(将标准化数据复制粘贴进去,即上文提到的txt文本格式的标准化数据)。

Metadata Template如下:


Matrix Template如下:

3、数据打包上传

 

Matadata表格填写完成以后,将该表格和原始数据打包压缩重命名,回到之前“GEOarchive”界面,点击submit, 进行上传,选择上传类型及数据公开时间

5、审核发布


责任编辑:森莘
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:corale66)未经授权,一律禁止转载!
马上与乐老师QQ联系 生信自学连
BioWolf二维码生成器
顶一下
(2)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
BioWolf腾讯课堂
推荐内容
一对一培训视频教程
生物信息学在线培训