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devtools安装SingleR和gganatogram包报错

时间:2019-10-22 10:22来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
devtools安装SingleR和gganatogram包报错
在学习《GTEx联合TCGA挖掘》《单细胞测序GEO芯片挖掘》时,经常有学员遇到个别R包无法安装的问题
大部分情况,时因为网速限制的问题,因为从github下载R包需要一定的网速,如果是用网忙时一般都会遇到报错,比如:

看下两个包的安装脚本:

1、SingleR (主要用于注释细胞类型,非常好用的一个R包)
#install.packages("devtools")
#library(devtools)
#devtools::install_github('dviraran/SingleR')
2、gganatogram包 (主要用于绘制解剖图)
#install.packages("devtools")
#library(devtools)
#devtools::install_github("jespermaag/gganatogram")

从命令我们很容易看出,从github下载R包都是通过devtool工具,很多学员在安装和调用devtools包经常会出现类似报错的信息,其实这个包安装很容易,基于R3.6.1,可以很快安装调用,到了devtools::install_github("jespermaag/gganatogram")这句命令,就需要网速比较好,一般凌晨用网闲时,下载数据比较快,以下界面是在凌晨5点下载的界面,供大家参考:
1、工具:R 3.6.1
2、网络:电信(这个其实也挺重要,其他宽带上外网比较难)
3、输入安装命令




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《GTEx联合TCGA数据库挖掘》
《单细胞测序GEO芯片挖掘》



责任编辑:乐伟
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