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生信分析-R软件R包Bioconductor包安装及R包安装出错

时间:2021-05-13 10:28来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
生信分析-R软件R包Bioconductor包安装及R包安装出错处理
一、R下载
网址:https://www.r-project.org/
 
二、R简介
R是统计领域广泛使用的诞生于1980年左右的S语言的一个分支。可以认为R是S语言的一种实现。
而S语言是由AT&T贝尔实验室开发的一种用来进行数据探索、统计分析和作图的解释型语言。
R作为一种统计分析软件,是集统计分析与图形显示于一体的。
R语言之父:Ross Ihaka
特点:
1.R是自由软件。这意味着它是完全免费,开放源代码的。
2.R是一种可编程的语言。
3. 所有R的函数和数据集是保存在程序包里面的。
4.R具有很强的互动性。
 


install.packages("colorspace")
install.packages("stringi")
install.packages("ggplot2")
 
library(ggplot2)
 
if (!requireNamespace("BiocManager"quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("clusterProfiler")
 
library(clusterProfiler)
 
if (!requireNamespace("BiocManager"quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")
library(limma)


安装R包常见的错误
1安装目录不对安装目录不可以有中文和空格最好安装在默认的C盘
2输入的命令不对例如BiocManager就在2020年底更新过一次命令
之前的
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
现在的
if (!requireNamespace("BiocManager"quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("limma")
3R版本不对如果R版本太低很多命令安装会出错现在用到了R4.0.5
4网速问题这个时候一般会显示下载错误或者50M的包才下载了10M会提取错误
可以换个好点的宽带或者用手机热点
5安装目录的文件夹没有用户权限这个时候可以设置所有用户的所有权限
6镜像不对首先我们看下如何查看选择镜像每次开启R输入安装命令都会弹出一个框
就是选择镜像的一般选择中国Lanzhou如果遇到这个镜像安装不了用第一个镜像试下
options("repos"=c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
7电脑如果开过翻墙软件关掉


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