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单基因批量筛选方法之独立预后分析过滤

时间:2019-08-30 10:41来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
通过前面的生存分析过滤之后,我们就得到了符合条件的一个新的矩阵,矩阵内的基因KM分析和Cox分析的P值都是小于0.001的,接下来我们做独立预后分析过滤

通过前面的生存分析过滤之后,我们就得到了符合条件的一个新的矩阵,矩阵内的基因KM分析和Cox分析的P值都是小于0.001的,接下来我们做独立预后分析过滤

也就是看这些跟生存相关的基因哪些可以作为独立预后的因子,可以作为独立预后因子的基因,对我们的临床是非常有意义的,说明这些基因可以独立于其他的临床性状作为一个独立的预后因子。

结果解读

基因名称,HR值:HR值大于1,说明该基因是高风险基因,该基因表达越高,生存越低;HR值得95% CIpvalueP小于0.05说明这个基因可以作为独立的预后因子,P大于0.05说明该基因不能作为独立的预后因子。

接下来我们看下独立预后过滤用到的输入数据:

1、生存显著相关的基因文件,这个文件是前面kmcox分析得到的基因表达

 

2、因为是做临床相关,所以这里我们需要准备好临床数据文件,因为做独立预后分析,需要所有的临床都是数值,所以我们要对自己的临床做整理,分类是自定义为:012等数字,这样整理好之后,就可以做独立预后分析。这里需要注意的是,NA需要删除,连续变量的话,需要划一个标准,比如年龄,可以以40为标准,或者65为标准,大于等于65的为0,小于65的为1,当然这些都需要用文件记录下来,后期写文章需要备注。

 

接下来就可以用R做分析,得到结果之后,我们可以设定一个筛选条件,主要看结果,比如设定P小于0.001作为筛选条件,把符合条件的基因。
 

同时我们会输出另外一个文件,作为后续分析的输入文件,做了独立预后过滤,我们后面还会做其他过滤。这个文件和前面的文件格式是一样的,只是现在的基因是经过了新的过滤的基因,也就是独立预后分析p小于0.001的基因。

是不是很强大,很欢喜,后面还有几层过滤的,单基因过滤就选生信自学网课程
后面我们会介绍其他几个步骤

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责任编辑:乐伟
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