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METABRIC数据库挖掘相关性圈图的绘制

时间:2020-07-19 21:36来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
在进行共表达分析后,我们可以绘制这样一个相关性圈图。

相关性圈图的绘制

在进行共表达分析后,我们可以绘制这样一个相关性圈图,通过这个图形,我们首先可以找到我们的目标基因,正相关最显著的五个基因把他放进来,然后再找到跟我们这个目标基因负相关最显著的五个基因把它放进来,这样的话我们就会得到11个基因的一个相关性圈图。这里线条的颜色就代表相关性的一个程度。它是介于-1到1之间,如果是绿色的话,就代表的是负相关,如果是红色的话就是代表的是正相关们。颜色越红的话,说明两个基因正相关越显著,颜色越绿的话,就说明两个基因负相关越显著,我们就可以得到这样的相关性的一个圈图。

下面我们来绘制这样一个相关性圈图,我们需要的输入文件有我们所有基因的表达量,还有和我们目标基因正相关最显著的五个基因和负相关最显著的五个基因,所以我们要需要相关性的表格,并且从这个表格中提取处出我们需要的十个基因。放在一个TXT文件中,然后就是我们的脚本文件。




准备好输入文件后,打开R,运行我们的脚本,运行结束后,我们就可以得到我们的相关性圈图




责任编辑:乐伟
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