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环状RNA测序数据分析

时间:2017-07-10 12:05来源:原创 作者:Wolf老师 点击:
环状RNA简介,环状RNA注释、鉴定,差异分析,生存分析
环状RNA是mRNA在剪接的过程中,上游exon的5'端与下游exon的3'端剪接在一起,从而形成的首位相接的环状RNA分子。
circRNA的特点
大多数定位于细胞质,且序列高度保守。
比线性RNA更稳定,不易被讲解。
许多circRNA表达水平与线性RNA的表达水平相当,一些circRNA的表达水平甚至超过他们的线性异构体10倍。
大多数来自蛋白质编码基因的外显子。
大部分是非编码RNA(noncoding RNA,ncRNA)。
circRNA功能
与miRNA相互作用。
circRNA通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平。
circRNA能与蛋白质结合,抑制蛋白活性、募集蛋白质复合体的组分或调控蛋白质的活性。
一些circRNA可作为翻译的模板指导蛋白质的合成。
环状RNA测序
RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)和生物信息学技术的快速发展,使大规模分析转录组数据成为可能。
三种建库类型
polyA尾抓取RNA
rRNA delete
RNase R处理
环状RNA数据库
circRNA合并并统一了成套circRNAs,并且能够在基因组环境中访问、下载和浏览支持他们表达的证据。
circRNAs视频课程
环状RNA课程展示


责任编辑:乐伟
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