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TCGA转录组数据与临床数据的下载及整理(上)

时间:2020-10-10 20:23来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
转录组数据下载与整理 免疫基因对id的转换 临床数据的下载与整理

转录组数据与临床数据的下载及整理(上)

1、TCGA转录组数据下载与整理

我们推荐是使用官网进行下载。我们首先打开浏览器,然后在搜索框里面搜索TCGA gdc,然后进入下载数据的界面。
我们进入了界面后,我们要做的第一步就是看我们这个Cart购物车是否为零,如果Cart不为零的话,我们需要把它里面的数据删掉。然后点击Repository进入数据下载界面,接着我们选择我们的疾病类型,比如说我们现在要做胃癌的,我们就选择胃组织,然后选择项目、类型、性别等,这个可以根据自己的需求进行选择下载。




选择好要研究的类型后,接下来我们要选择文件的类型,我们要下载转录组的数据,所以我们选上转录组数据,选择基因的表达量等,然后就可以把选择好后的数据加入到Cart里面下载。我们需要下载几个数据,分别是manifest文件、Cart文件和metadata文件。这样我们的转录组数据就下载好了。



我们下载好了数据后,我们的每个样品都是一个文件,我们需要把它整理成如下的矩阵,这个矩阵的话行名是ID,列名是样品名。同时我们在整理的时候也会把正常样品放前面,把肿瘤样品放后面,方便我们后续的分析。

下面我们就对我们下载的数据进行整理,我们需要准备的文件有我们下载好的打包文件和metadata文件,还有我们整理要用的脚本pl文件,我们先将安装包文件解压,然后我们将moveFiles.pl脚本拷贝到解压后的文件夹中,用perl运行该脚本文件,这样我们就可以将每个目录下的文件全部放入同一个目录下。

之后我们解压文件里所有的压缩包,等到解压后的文件,接着利用merge.pl脚本将所有的文件进行合并,得到合并后的文件


2、免疫基因对id的转换
 通过我们前面数据的整理,我们得到一个行名为id列名为样品名的矩阵,接下来我们需要对这个矩阵进行转换,得到一个行名为基因的名称,列名为样品名的一个矩阵。
        我们在发表文章的时候,我们用这个id去发表文章的不多,我们大多数文章是用基因的名字来去做后续的分析,然后发表相应的文章。



        下面我们看一下,怎么进行id的转换。我们要准备的输入文件是我们之前得到的mRNA的矩阵文件,还有一个人的配置文件以及我们的脚本文件,我们将这些文件准备好后,就可以进行id的转换。



        用pl运行我们的脚本,我们就会得到id转换后新的一个矩阵,可以用做后续的分析。

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责任编辑:乐伟
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