我们已经构建好了蛋白互作网络，接下来我们就希望使用cytoscape对我们的网络进行可视化，并且构建子网络。...

相关性分析与PPI网络的构建...

GO与KEGG的富集分析...

1、差异分析 2、id转化...

单分析单因素就是将这里面的所有的因素，一个一个跟我们的生存时间和生存状态进行比较。多因素的独立预后分析就是将我们这里面的因素一次性输入。...

我们找到目标基因之后，我们想看一下我们的目标基因跟哪些临床性状是具有相关性的。...

从我们筛选的结果里面选择一个基因进行我们后续的分析。...

我们已经找到了跟预后相关的基因，找到这些基因之后，接下来我们还要对它进行过滤，找出可以作为独立预后因子的基因，接着我们做临床相关性分析。...

我们已经对表达数据进行校正了，校正了之后我们就可以将它与生存数据合并起来，可以得到表达和生存数据合并后的文件，接下来就可以进行生存分析过滤。...

GEO数据的注释及数据的矫正...

安装好软件以后我们要下载GEO数据库的数据，做后续分析。...

在进行CEO数据库单基因分析之前，我们先要在我们的电脑上安装Perl和R两个软件....

GEO数据库单基因文章套路简介...

GEO DataSets: GEO数据库(收录整个试验的数据) GEO Profiles数据库 (它负责收录一个基因在一次试验中的定量基因表达数据)...

单细胞转录组测序的常用方法...

单细胞测序技术生信分析可参考的8篇经典综述...

GEO数据库芯片肿瘤微环境分析简介...

高通量测序和芯片对于大部分的研究者而言，已成为分子生物学实验的常规手段。（这里的测序和芯片，指的是较为成熟的二代测序和表达谱芯片。）...

对于肿瘤分析当道的今天，非肿瘤分析的科研人员，如何做自己的生信分析呢？GEO数据无疑是一个最佳选择，芯片量大，数据获取简单，分析方法成熟便捷，都是GEO持续火热的理由。...

GSEA富集分析是芯片分析一项重要的分析内容...

GEO数据库结合TCGA数据库，甲基化快速发文，看看SCI是如何操作发文的...

上次推文Cox风险模型之后，有很多学员问到ceRNA、多个GEO数据联合TCGA分析、甲基化与基因联合分析的分析思路，我们在之前发文的基础上，给大家总结思路，希望对大家有帮助，当然最...

号外号外，甲基化芯片数据也能分析免疫浸润模式了。 您在分析甲基化芯片数据的时候，是否觉得写文章图表太少，是否觉得新意还不够，那我们生信自学网的这个文章您值得一看了。...

如何从GEO数据库下载单细胞测序数据，单细胞测序数据也可以做生信分析，如果你有单细胞测序的实验数据，整理好矩阵，也可以自己分析，方法，方法很重要。...

前面我们给大家介绍了如何从GEO数据库下载单细胞测序（scRNA）的数据，接下来，生信自学网给大家简单重现一下数据整理以及后续的分析....

近几年来，单细胞测序技术发展迅速，与传统测序方法相比起来，其对解决生物材料的低获取量和生物异质性等问题尤为重要。凭借这一技术，研究者们可在单细胞水平上面研究生物进...

做GEO数据分析的时候，你是否因为样本量太少苦恼呢？ 做共表达网络的时候，是否因为样品少图形看起来很low呢？ 学员反映的这些问题，我们老师很快给出了明确回复。...

利用Ｒ软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等Ｒ软件包进行数据挖掘及生物信息学分析。DAVID在线工具做GO功能分析，在GeneMANIA数据库做进一步研究。...

基因ID种类很多，很多时候数据库下载的基因ID并不是symbol ID，那么就需要做个转换，当然不采用手工这种模式，需要使用程序自动转换，一个矩阵就有4-6万行记录。...

NCBI数据库可以下载大部分GEO表达谱芯片数据，一个简单实用的研究思路非常重要，安装可操作的思路，结合自己的研究方向，可以得到不错的分析结果。...