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ArrayExpress数据库挖掘(类似GEO数据库的另一个芯片

时间:2019-04-19 06:46来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
ArrayExpress与Geo数据库类似,里面都存储这大量芯片表达数据,对于数据库挖掘的学员来说,ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。

ArrayExpressArchive of Functional Genomics Data stores data from high-throughput functionalgenomics experiments, and provides these data for reuse to the researchcommunity.

ArrayExpress与Geo数据库类似,里面都存储这大量芯片表达数据,对于数据库挖掘的学员来说,ArrayExpress是一个不可或缺的数据库。生信自学网应学员的要求,录制了ArrayExpress数据库挖掘的视频。视频主要从以下几个方面录制讲解ArrayExpress数据库的挖掘,首先,我们会讲解如何从ArrayExpress数据库下载数据,大家通过网页和R包下载ArrayExpress数据。

接下来,生信自学网针对三种不同的数据,采用三种不同的方法进行分析。A,对于下载数据已经包含探针矩阵的,我们利用平台文件将探针矩阵转换为基因矩阵。B,对于下载的数据是单个的表达文件,我们先将单个表达文件合并成探针矩阵,然后在转换为基因矩阵。C,对于下载的数据是原始数据的,我们首先用R包将原始数据转换为探针矩阵,然后在转换为基因矩阵。

通过以上几种方法得到了基因矩阵以后,我们对样品进行分组,将正常样品放前面,肿瘤样品放后面,然后做差异分析。得到差异基因以后,我们就可以做功能和通路分析,这些都是常见的分析了。

下面我们看看课程的主要步骤和常见的图形:



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责任编辑:乐伟
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