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小RNA测序分析数据下载miRNA、siRNA和piRNA

时间:2019-07-30 11:41来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
小RNA是一类是长度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能够调控基因的表达,在细胞生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色。
小RNA测序
小RNA是一类是长度在18-30nt的RNA分子,主要包括miRNA、siRNA和piRNA。小RNA能够调控基因的表达,在细胞生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色。
通过高通量测序技术,可以发掘全基因组水平的小RNA图谱、对miRNA表达水平定量、挖掘新的miRNA分子、预测靶基因、鉴定样品间差异表达分析。学生信,上生信自学网
一、数据下载
主要从NCBI、EBI数据库下载
下载原始数据(fastq)http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
http://www.ebi.ac.uk/
以NCBI下载为例,首先打开NCBI数据库,进入主页之后,在数据类型,我们选择“SRA”,在搜索框输入我们需要搜索的内容,比如” microrna sequencing human”

或者直接搜索代码“ERX657496”,我们生信自学网将用这个数据为例给大家讲解

进入页面之后,我们选择Run下面的代号,点击进入详情页面,进入到“ERR713574”页面之后,我们复制实验号“ERX657496”

拉倒当前页面的上部分,找到Download-FASTA/FASTQ,进入搜索页面,把刚才复制的实验号输入到搜索框

进入到结果页面,数据格式我们选择FASTQ,然后点击Download下载数据



二、质控
对得到的数据质量控制,做数据过滤
三、reads长度分布统计
四、全基因组比对
五、已知miRNA鉴定
六、Rfam数据比对
七、差异表达
八、miRNA靶基因
九、新miRNA预测
十、其他分析

 如果大家需要详细学习,可以购买《小RNA测序分析》课程
微信下单直接进入:《小RNA测序分析》



责任编辑:乐伟
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