TCPA数据库在线工具使用 1、进入主页:https://www.tcpaportal.org/ 点击“Patient Cohorts”进入数据页面 2、进入页面之后,有四个在线工具,分别是Summary(数据预览)、My Protein(蛋白在所有癌症的分布)、Visualization(可视化-网络和热图)、Analysis(单个蛋白分析-生存、柱状图、相关性) 一、Summary 进入之后可以看到各个癌症的样本数目和蛋白数目 二、My Protein 进入之后可以看到每个蛋白,蛋白对应的基因等信息,找到自己感性却的蛋白,点击后面的view按钮,就可以进入该蛋白在各个癌症的柱状图 三、Visualization 进入之后可以看到Network Visualization网络菜单和Heatmap Visualization热图菜单 A、Network Visualization 进入之后选择自己研究的癌症种类,点击show就可以得到结果图片 B、Heatmap Visualization 进入之后,选自自己感兴趣的肿瘤,下面有三个图,K=3,K=4,K=5,分别是指需要分几个cluster,也就是肿瘤分型,选择进入之后就可以得到结果热图,然后左上角Misc-PDF就可以下载PDF格式图片 四、Analysis 进入之后可以看到两个菜单:Individual Cancer Analysis、Pan-cancer Analysis A、Individual Cancer Analysis 包含三个分析: 1、Correlation Analysis 相关性分析:选择感兴趣的癌症,点击show,就会列出该癌症所有蛋白的相关性分析,然后点击Plot,选择自己感兴趣的蛋白查看 2、Differential Analysis 差异分析,做的是两种癌症之间的差异,所以需要选择感兴趣的两种癌症 然后选择自己感兴趣的蛋白,点击Plot就可以出图,还可以点击后面小图标进行图片保存 3、Survival Analysis 生存分析:选择感兴趣的癌症,点击show,每个蛋白的生存曲线有两个参数,Cox P 和Log-Rank P 然后选择需要分析的蛋白,点击Plot就可以出图 B、Pan-cancer Analysis 1、Protein Centric Analysis 比如选择Clinical,可以得到这样的柱状图 2、Pathway Centric Analysis 精品课程推荐: 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |