知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信数据库 >

TCPA数据库在线工具使用

时间:2020-01-31 11:36来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA数据库在线工具使用
TCPA数据库在线工具使用
1、进入主页:https://www.tcpaportal.org/
点击“Patient Cohorts”进入数据页面

2、进入页面之后,有四个在线工具,分别是Summary(数据预览)、My Protein(蛋白在所有癌症的分布)、Visualization(可视化-网络和热图)、Analysis(单个蛋白分析-生存、柱状图、相关性)

一、Summary
进入之后可以看到各个癌症的样本数目和蛋白数目


二、My Protein
进入之后可以看到每个蛋白,蛋白对应的基因等信息,找到自己感性却的蛋白,点击后面的view按钮,就可以进入该蛋白在各个癌症的柱状图


三、Visualization
进入之后可以看到Network Visualization网络菜单和Heatmap Visualization热图菜单
A、Network Visualization
进入之后选择自己研究的癌症种类,点击show就可以得到结果图片


B、Heatmap Visualization
进入之后,选自自己感兴趣的肿瘤,下面有三个图,K=3,K=4,K=5,分别是指需要分几个cluster,也就是肿瘤分型,选择进入之后就可以得到结果热图,然后左上角Misc-PDF就可以下载PDF格式图片


四、Analysis
进入之后可以看到两个菜单:Individual Cancer Analysis、Pan-cancer Analysis

A、Individual Cancer Analysis
包含三个分析:
1、Correlation Analysis
相关性分析:选择感兴趣的癌症,点击show,就会列出该癌症所有蛋白的相关性分析,然后点击Plot,选择自己感兴趣的蛋白查看


2、Differential Analysis
差异分析,做的是两种癌症之间的差异,所以需要选择感兴趣的两种癌症

然后选择自己感兴趣的蛋白,点击Plot就可以出图,还可以点击后面小图标进行图片保存

3、Survival Analysis
生存分析:选择感兴趣的癌症,点击show,每个蛋白的生存曲线有两个参数,Cox P 和Log-Rank P

然后选择需要分析的蛋白,点击Plot就可以出图

B、Pan-cancer Analysis

1、Protein Centric Analysis
比如选择Clinical,可以得到这样的柱状图

2、Pathway Centric Analysis

精品课程推荐:
《中药复方网络药理学联合GEO》
《单细胞测序分析》
《TCGA单基因发文套路挖掘》


责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
加生信自学课堂
BioWolf二维码生成器
顶一下
(2)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
GEO芯片数据库挖掘生信视频教程
推荐内容
TCGA数据库挖掘文章套路生信视频教程
中药复方网络药理学文章套路生信视频教程