TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制 输入文件:risk.txt,用到的数据每个样本的风险值,这个风险值是根据模型蛋白表达计算出来的,然后是样本的生存时间和生存状态 用到的R包: install.packages("survival") install.packages("survminer") 首先调用R包: library(survival) library("survminer") 用到的函数:survdiff()、survfit() 根据riskScore把所有样本分为高低两组,绘制生存曲线 然后查看5年生存率:summary(fit) 图形:上下两部分 上部分横坐标生存时间(单位年),纵坐标是生存率,随着时间的推移,生存率是下降的。红色代表高风险组,蓝色代表低风险组,两条曲线明细分开,p<0.05,是比较理想的结果 下部分横坐标生存时间,纵坐标是高低风险组,数据是生存时间下样本数目 精品课程推荐: 《中药复方网络药理学联合GEO》 《单细胞测序分析》 《TCGA单基因发文套路挖掘》 责任编辑:伏泽 作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载! |