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TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制

时间:2020-01-30 11:23来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制
TCPA数据库蛋白风险生存曲线绘制
输入文件:risk.txt,用到的数据每个样本的风险值,这个风险值是根据模型蛋白表达计算出来的,然后是样本的生存时间和生存状态

用到的R包:
install.packages("survival")
install.packages("survminer")
首先调用R包:
library(survival)
library("survminer")
用到的函数:survdiff()、survfit()
根据riskScore把所有样本分为高低两组,绘制生存曲线

然后查看5年生存率:summary(fit)

图形:上下两部分
上部分横坐标生存时间(单位年),纵坐标是生存率,随着时间的推移,生存率是下降的。红色代表高风险组,蓝色代表低风险组,两条曲线明细分开,p<0.05,是比较理想的结果
下部分横坐标生存时间,纵坐标是高低风险组,数据是生存时间下样本数目
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责任编辑:乐伟
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