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TCPA数据库预后模型蛋白生存分析生存曲线批量绘

时间:2020-02-03 21:48来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA数据库预后模型蛋白生存分析生存曲线批量绘制
TCPA数据库预后模型蛋白生存分析生存曲线绘制
输入文件:risk.txt

模型蛋白的表达量、生存时间、生存状态
用到的R包:
install.packages("survival")
install.packages("survminer")
函数:survdiff()、survfit()
分组标准:蛋白表达的中位值,小于等于中位值为低表达组,大于中位值的为高表达组
绘制图形
显示置信区间:conf.int=TRUE
显示图形下半部分风险表格:rusk.table=T
横坐标刻度:break.time.by=1(输入文件futime单位为年,所以这里设定为1)
命令用到for循环,可以一次性绘制所有预后相关蛋白的生存曲线,因为这些蛋白都是经过KM筛选的,所以得到的曲线p值都是小于0.05的。
图形:

横坐标生存时间(单位是年),纵坐标是生存率,曲线是根据蛋白表达中位值分组,分别是高表达组,低表达组
图形下半部分是生存表格,表格数据是生存时间的样本生存数目,也是分为高低两组

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责任编辑:乐伟
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