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免疫lncRNA模型构建

时间:2020-10-23 16:10来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
找出预后相关的lncRNA,利用这些预后相关的免疫lncRNA去构建模型。

免疫lncRNA模型构建

在上一篇文章中我们得到lncRNA表达量和生存数据合并后的文件,有了这个文件,我们就可以做预后分析,找出预后相关的lncRNA。
通过预后分析,我们会得到如下这样一个表格:

这个表格是通过单因素的cox分析得到的,他的第一列是lncRNA的名字,第二列是HR值,HR值大于1的话这个lncRNA就是高风险的lncRNA。接下来的两列就是HR值的波动范围,最后一列就是得到的P值,我们这里按照P值小于0.01进行过滤,这个可以根据具体情况进行调整。
 
我们需要的输入文件的话就是lncRNA表达量与生存数据合并后的文件,以及我们提供给大家的脚本文件。
 
通过R运行脚本,我们就能够得到这样的一个单因素cox分析的结果文件,另一个单因素显著的lncRNA的表达量文件。
 


除此之外,我们还可以得到这样的一个森林图,可以很直观的展示分析后的结果,从中可以看到只有最后一个lncRNA是高风险的lncRNA,其余的都是低风险的lncRNA。
 

找到预后相关的lncRNA后,我们要利用这些预后相关的免疫lncRNA去构建模型。

通过模型公式,我们可以得到每个病人的风险值,得到所有病人的风险值后,我们就可以求出病人风险值的中位值,根据中位值,我们就可以判断病人风险的高低。

我们要用的输入文件就是上面得到的单因素显著的lncRNA的表达量,然后是脚本文件。
 
通过脚本的运行,我们可以得到一个模型的公式,还有一个用于做后续分析的文件,里面包含样品的名称,生存时间,生存状态,和用于构建模型的lncRNA以及它的表达量,最后两列就是病人的风险值以及风险值的分类。


 
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责任编辑:乐伟
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