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lncRNA生存分析

时间:2020-10-23 19:49来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
生存分析,就是比较高低风险组生存是否具有差异.

 lncRNA生存分析

我们根据lncRNA的模型已经得到了每个病人的风险值,然后根据风险值的中位值,我们可以对病人分为两组,一组是高风险组,一组是低风险组。接下来我们就要做生存分析,就是比较高低风险组生存是否具有差异。我们看一下生存曲线



生存曲线的话,它的横坐标就是生存时间,纵坐标就是生存率,生存时间的单位是年,随着这个时间的推移,我们可以看到病人的生存率是下降的。然后我们看到这里有两条曲线,一条是低风险的曲线,用蓝色表示,一条是高风险的曲线,用红色表示。通过P值,我们又可以知道他们是否具有差异,这里的P值远小于0.05,所以他们的生存是具有差异的并且差异非常显著。
接下来我们可以看一下他们的五年的生存率,高风险的话,它的五年生存率大概20%左右,然后低风险的话它的五年生存率就大概50%左右,所以我们就可以将我们这个模型用到临床上去,如果临床上有一个病人,我们就可以根据他六个lncRNA的表达量,然后根据我们的模型去计算它的风险值,然后将这个风险值和我们的临界值进行比较。如果它大于临界值的话,就是高风险的病人,如果他小于临界值的话,就是低风险的病人。如果这个病人他是高风险的病人的话,那他的五年的生存率就是20%左右,如果这个病人他属于低风险,那它的五年的生存率就是50%左右,这样的话我们就可以预测病人的一个生存期。


接下来我们看一下图形的下半部分,它的坐标也是生存时间,他的单位也是年,然后纵坐标就是高低风险,然后我们可以看到对于每个时间点,他这个高低风险都有个数值,这个数值的话就代表每个时间点高低风险剩余的病人的一个数目,这是我们生存分析的图形。

要绘制这样一个图形,我们需要的输入文件有上一篇文章中得到的病人的风险值的文件,还有我们准备的脚本文件。


运行脚本文件,我们就可以得到生存曲线图



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责任编辑:乐伟
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