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daunorubicin分子和CHEK1蛋白的分子对接生信分析

时间:2020-07-11 07:21来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
1、准备daunorubicin分子和CHEK1蛋白 2、蛋白与分子的处理 3、寻找活性口袋

daunorubicin 分子和CHEK1 蛋白的分子对接

1、准备daunorubicin分子和CHEK1蛋白

在药物分子数据库中找到daunorubicin分子
 
通过ChemBioDraw画出它的二维图
 
再用ChemBio3D转化成三维图保存到text文件夹中命名为Daun.mol2
 
 
打开网页https://www.rcsb.org/#Category-search搜索受体蛋白CHEK1下载到text目录,即2hog.cif文件。
 
用PyMOL打开2hog.cif,点击action-->remove waters给受体蛋白去水,将去水后的蛋白以pdb格式保存至text文件夹中,命名为chek.pdb。
 
 

2、蛋白与分子的处理

用AutoDock打开chek蛋白,点击Edit->Hydrogens->Add进行加氢,之后点击Grid->Macromolecule->Choose,在弹出的对话框中选中chek,点击Select Molecule,它就会对蛋白分子进行处理,合并非极性氢,之后会弹出保存对话框,将它的pdbqt文件保存至text文件夹中。
 
 
在此之前我们可以先设置AutoDock的工作路径,将text文件夹的路径复制,在AutoDock中点击File->Preferences->Set,将路径粘贴至Startup Directory中,点击Set按钮就行了。
 
接着删除chek蛋白,打开Daun配体分子,点击Ligand->TorsionTree->ChooseTorsion打开弹窗,可以看到该配体分子有9个可旋转的键,因此我们可以使用半柔性对接,如果超过32个,就需要使用刚性对接。
 
关闭弹窗,点击Ligand->Output->Save as PDBQT保存至text文件夹中。
 

3、寻找活性口袋

将chek.pdbqt和Daun.pdbqt都用AutoDuck打开
 
 

 
接着点击Grid->Grid Box打开Grid Box,设置搜寻空间,鼠标右键点击Spacing
 
设置好之后,点击File->Close Saving Current,接着点击Gird->Output->Save GPF保存为格点参数文件,命名为dock.pdf.
 
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责任编辑:乐伟
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