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daunorubicin分子和CHEK1蛋白的分子对接生信挖掘

时间:2020-07-11 07:21来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
4、分子对接 5、结果分析

                                   daunorubicin 分子和CHEK1 蛋白的分子对接

4、分子对接

首先用户需要下载vina并设置好环境变量
 
打开cmd输入vina,出现如下信息则设置成功
 
 
接着需要用到conf.txt配置文件
 
打开配置文件
 最后启动cmd,转到text路径中,输入启动命令行,就开始了分子对接
 
 
 
分子对接完成:
 
 
产生vina.log日志文件
 
 
产生的9个构象在Daun_out_pdbqt中,(ps:如果想产生更多构象,在conf.txt文件末加上num_moders=20,重新运行,就可产生19个构象,数字自定义)
 

5、结果分析

同时选中Daun_out.pdbqt和chek.pdb文件,拖入PyMOL软件中打开
 
 
点击如图按键将受体显示成卡通模型,并将配体显示成sticks模式,方便查看
 
 
点击右下键的放映按键,可以依次显示配体的九种对接位置
 
 
 用户可以自行选择合适的构象,可通过文献查询结构位点的信息选择,一般可选择能量相对较低的构象作为最终结果
最后保存,方法是打开Daun_out.pdbqt文件,找到你选择的构象,将那个构象的全部信息复制,粘贴到受体的pdb文件的最末尾处,所得到的受体pdb文件就是最终文件。


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责任编辑:乐伟
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