daunorubicin 分子和CHEK1 蛋白的分子对接

4、分子对接

首先用户需要下载vina并设置好环境变量

打开cmd输入vina，出现如下信息则设置成功

接着需要用到conf.txt配置文件

打开配置文件
最后启动cmd，转到text路径中，输入启动命令行，就开始了分子对接

分子对接完成：

产生vina.log日志文件

产生的9个构象在Daun_out_pdbqt中，（ps:如果想产生更多构象，在conf.txt文件末加上num_moders=20，重新运行，就可产生19个构象，数字自定义）

同时选中Daun_out.pdbqt和chek.pdb文件，拖入PyMOL软件中打开

点击如图按键将受体显示成卡通模型，并将配体显示成sticks模式，方便查看

点击右下键的放映按键，可以依次显示配体的九种对接位置

用户可以自行选择合适的构象，可通过文献查询结构位点的信息选择，一般可选择能量相对较低的构象作为最终结果
最后保存，方法是打开Daun_out.pdbqt文件，找到你选择的构象，将那个构象的全部信息复制，粘贴到受体的pdb文件的最末尾处，所得到的受体pdb文件就是最终文件。

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