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TCPA数据库预后相关蛋白绘制火山图

时间:2020-01-30 07:24来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA数据库预后相关蛋白绘制火山图
TCPA数据库预后相关蛋白绘制火山图

得到预后相关蛋白数据之后,我们就有了HR(风险值)和P值,可以用数据结果绘制火山图,这里用到的R包:ggolot2、ggrepel
安装方法:install.packages("ggplot2")
install.packages("ggrepel")
首先调用R包:
library(dplyr)
library(ggplot2)
library(ggrepel)
HR>1为高风险蛋白,HR<1低风险蛋白
这里定义:横坐标log2(HR),纵坐标-log10(pvalue)
根据分组进行打点,分别是高风险蛋白,低风险蛋白,不显著蛋白,同时对显著蛋白进行标注,提高图片的可视性

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责任编辑:乐伟
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