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TCPA数据库蛋白预后模型构建

时间:2020-01-30 08:08来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
TCPA数据库蛋白预后模型构建
TCPA数据库蛋白预后模型构建
输入文件:预后筛查得到蛋白的结果数据,数据包括预后相关的蛋白表达,生存时间,生存状态

用到的R包:install.packages('survival')
函数:coxph()
构建模型的命令:coxph(Surv(futime,fustat) ~ .,data)
模型优化的方法:“both“,向前向后的方法
处理之后可以得到这些数据:
Coef:系数
HR:风险值
95%CI:HR.95L、HR.95H
Pvalue:多因素的p值就没有单因素那么重要,主要看得到的蛋白和系数

得到了多因素的结果之后,我们需要用多因素结果蛋白和系数构建预后模型,然后根据每个样本这几个蛋白的表达量计算每个病人风险值,这里用到的是R函数直接计算,可能会和直接手动计算存在一些差异,这个是正常的,但是每个病人的风险值排序是一致的。

接下来根据所有样本风险值的中位值,对所有样本进行分组,得到高低风险组,保存在risk.txt文件,这个文件用于后续分析

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责任编辑:乐伟
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